Năm 2025, Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam đã nỗ lực sắp xếp tinh gọn tổ chức bộ máy, từ 44 đầu mối đến nay có 26 đơn vị với 1.330 cán bộ, viên chức, người lao động. Viện cũng đã thành lập Quỹ phát triển Khoa học và Công nghệ, khôi phục hoạt động của Hội đồng Khoa học; thành lập ba nhóm nghiên cứu chuyên biệt, gắn trực tiếp với ba lĩnh vực cốt yếu trong tham mưu quản trị quốc gia, bao gồm nhóm nghiên cứu về kinh tế - xã hội, nhóm nghiên cứu về chính trị - xã hội - pháp luật và nhóm nghiên cứu về các vấn đề quốc tế.
Viện Hàn lâm KHXH cũng đã triển khai một số chương trình cấp bộ trọng điểm, các nghiên cứu không chỉ mang tính học thuật mà còn bám sát những vấn đề lý luận và thực tiễn của đất nước trong bối cảnh hội nhập quốc tế ngày càng sâu rộng. Từ kết quả nghiên cứu, cán bộ khoa học của viện đã công bố hàng ngàn bài báo khoa học, trong đó có 130 bài đăng trên tạp chí quốc tế, thể hiện sự nỗ lực hội nhập khoa học của Viện Hàn lâm KHXH với cộng đồng nghiên cứu khoa học quốc tế.
