Theo quyết định, Thủ tướng Chính phủ làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Các Phó Trưởng Ban Chỉ đạo gồm: Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Phạm Gia Túc (Phó Trưởng Ban Thường trực); các Phó Thủ tướng Chính phủ; Bộ trưởng Bộ Công an Lương Tam Quang; Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Vũ Hải Quân; Bộ trưởng Bộ Nội vụ Đỗ Thanh Bình.

Thủ tướng Chính phủ Lê Minh Hưng làm Trưởng Ban Chỉ đạo của Chính phủ về phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số và Đề án 06.
Các Ủy viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo nhiều Bộ, ngành, cơ quan trung ương, trong đó có Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Bùi Hoàng Phương.
Ban Chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng nghiên cứu, tham mưu, đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trong chỉ đạo, điều phối xử lý những công việc quan trọng, liên ngành trong quá trình tổ chức thực hiện các chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách, nhiệm vụ, giải pháp quy mô quốc gia về phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số, phát triển Đề án 06 và cải cách hành chính.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, tư vấn, khuyến nghị, đề xuất phương hướng, giải pháp; cho ý kiến đối với các chiến lược, chương trình, cơ chế, chính sách, đề án, dự án thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; theo dõi, đôn đốc, kiểm tra, chỉ đạo các Bộ, ngành, địa phương trong tổ chức thực hiện.
Đồng thời, Ban Chỉ đạo điều phối chung việc triển khai Chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết số 57-NQ/TW của Bộ Chính trị về đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia.
Thủ tướng cũng kiện toàn 3 tổ công tác trực thuộc Ban Chỉ đạo. Trong đó, Tổ Công tác về phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số do Bộ trưởng Vũ Hải Quân làm Tổ trưởng. Bộ Công an làm nhiệm vụ cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo.

