Theo Quyết định, Viện Đổi mới sáng tạo quốc gia được giao 03 chức năng chính, gồm: Nghiên cứu chiến lược, chính sách về đổi mới sáng tạo và khởi nghiệp sáng tạo; nghiên cứu ứng dụng, phát triển và thương mại hóa công nghệ; thúc đẩy đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp sáng tạo trên phạm vi quốc gia, ngành, vùng, địa phương và kết nối quốc tế.
Viện đồng thời được giao 14 nhóm nhiệm vụ, xây dựng trên cơ sở Nghị định 268/2025/NĐ-CP của Chính phủ và định hướng của Bộ Khoa học và Công nghệ, bảo đảm thực hiện đầy đủ các chức năng được giao, đồng thời tạo cơ sở tham chiếu cho hệ thống các trung tâm đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp sáng tạo trong cả nước.
Về tổ chức bộ máy, sau khi sắp xếp, kiện toàn theo Nghị quyết 120-NQ/ĐU, cơ cấu của Viện gồm 10 đơn vị trực thuộc, bao gồm các ban chức năng, viện chuyên ngành và trung tâm hỗ trợ, thử nghiệm, thương mại hóa công nghệ.
Cơ cấu tổ chức của Viện đáp ứng điều kiện thành lập theo Nghị định 120/2020/NĐ-CP của Chính phủ, bảo đảm tinh gọn, đồng bộ và phù hợp với yêu cầu triển khai nhiệm vụ trong giai đoạn mới.
