Đổi mới đột phá trong nghiên cứu
Năm 1998 tỉnh Quảng Bình nhận được thông báo của UNESCO là hồ sơ đăng ký "Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, Quảng Bình, Việt Nam" do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì thực hiện đã không được UNESCO công nhận.
Trước tình thế đó, cuối năm 1998, GS.TSKH. Nguyễn Văn Mậu, Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (Đại học Quốc gia Hà Nội) nhận được công văn của tỉnh Quảng Bình mời Trường nghiên cứu lại nội dung địa chất, địa mạo của hồ sơ. Trọng trách này được giao cho GS.TS. Trần Nghi, khi đó là Chủ nhiệm khoa Địa chất, một người con sinh ra và lớn lên tại chính vùng đất Quảng Bình
Nhận nhiệm vụ của Hiệu Trưởng giao, từ năm 1999-2001, ông đã thiết lập nhóm nghiên cứu hội tụ các chuyên gia, nhà khoa học hàng đầu, tiến hành các đợt khảo sát thực địa gắt gao và phân tích mẫu trong phòng thí nghiệm gồm: GS.TS. Nguyễn Quang Mỹ; TS. Đặng Văn Bào; PGS.TS. Vũ Văn Phái; KS. Phan Duy Ngà; KS. Lê Huy Cường và các nhà lâm nghiệp thuộc Trung tâm Tài nguyên và Môi trường Lâm nghiệp Viện điều tra quy hoạch rừng.
Đến tháng 7/2003 hồ sơ di sản được Hội đồng UNESCO bỏ phiếu thông qua các tiêu chí địa chất và địa mạo và mời Chủ tịch tỉnh Quảng Bình sang Pháp nhận bằng Di sản, đánh dấu mốc lịch sử cho du lịch Việt Nam.

Công trình Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, Quảng Bình, Việt Nam.
Chìa khóa giúp hồ sơ lật ngược tình thế chính là sự đổi mới mang tính đột phá trong nghiên cứu. Thay vì sử dụng hệ phương pháp "Địa mạo karst" truyền thống, GS.TS. Trần Nghi đã đổi mới và sáng tạo xây dựng được một hệ phương pháp nghiên cứu độc đáo đó là "Hệ phương pháp Địa chất trầm tích karst tích hợp với hệ phương pháp cổ kiến tạo và cổ địa lý".
Để hoàn chỉnh hồ sơ gửi UNESCO công nhận là Di sản thiên nhiên thế giới đối với Phong Nha - Kẻ Bàng, nghiên cứu cần chứng minh được 4 tiêu chí yêu cầu của UNESCO đặt ra là: Vỏ Trái Đất khu vực Phong Nha - Kẻ Bàng có lịch sử phát triển địa chất lâu dài và có tính toàn cầu; tính đa dạng địa chất và địa mạo; tính độc đáo của các thành tạo địa chất trầm tích và danh lam thắng cảnh đẹp, kỳ vĩ; tuổi cổ của hang động.
Với phạm vi nghiên cứu là Khu Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng nằm phía Tây Bắc tỉnh Quang Bình, dọc biên giới Việt - Lào. Toạ độ địa lý: 17020’-17048’ vĩ độ bắc 105046’-106024’ kinh độ đông.
Nhóm nghiên cứu đã chứng minh hoàn hảo 4 tiêu chí khắt khe của UNESCO đề ra:
Thứ nhất là, lịch sử phát triển Vỏ Trái đất khu vực Phong Nha - Kẻ Bàng lâu dài từ Devon (400 triệu năm) đến Đệ Tứ.
Thứ hai là, tính đa dạng địa chất và địa mạo: Đa dạng địa chất thể hiện có mặt của đá magma, trầm tích, biến chất; Đa dạng địa mạo thể hiện có mặt tất cả các núi đá vôi hình tháp tù, hình tháp nhọn, các núi đất đỉnh tròn, các bãi bồi và thềm sông Son, các đồng bằng sông Son và thung lũng Karst.
Thứ ba là, phong cảnh đẹp kỳ vĩ của hang động: Thạch nhủ cổ và hiện đại đẹp như sơn trang, địa phủ, nhủ ông tiên, ông bụt; Travertin tạo nên nền hang nghiêng thoải, đường đi tham quan, các ruộng bậc thang với cuội động đa dạng; Tạo nên các cột đá nối liền trần hang với sàn (gặp nhau của thạch nhủ và măng đá).
Thứ tư là, chứng minh tuổi cổ nhất của hang động là 32 triệu năm.

Địa hình núi đá vôi đỉnh tháp nhọn và Địa hình núi đá vôi hình tháp bằng vách trượt (cliff) thẳng đứng bị vôi hoá màu trắng bạc vĩnh cửu (Ảnh và luận giải: Đặng Văn Bào, Trần Nghi, 1999).
Tạo sức bật phát triển kinh tế và du lịch
GS.TS. Trần Nghi là nhà khoa học đầu tiên cùng các cộng sự xác định được tuổi Phong Nha - Kẻ Bàng, bắt đầu hình thành từ 32 triệu năm trước.
Nghiên cứu cho thấy Phong Nha - Kẻ Bàng là khu vực Karst cổ có lịch sử địa chất lâu dài trên 400 triệu năm, có hệ thống hang động giá trị nhất ở Đông Nam Á và trên thế giới thể hiện ở các đặc điểm: Khu vực có cấu trúc địa chất phức tạp và thành phần thạch học đa dạng; Lịch sử phát triển vỏ trái đất lâu dài từ 450 triệu năm đến nay.
Trải qua 5 giai đoạn phát triển lớn, Phong Nha - Kẻ Bàng là nôi bảo tồn đa dạng sinh học lớn, nơi chứa đựng nhiều loại động thực vật đang bị đe dọa.
Đó là một trong những cơ sở khoa học để UNESCO công nhận Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng.
Trên cơ sở giá trị thật của Phong Nha - Kẻ Bàng, các nhà khoa học đã góp phần cùng vén bức màn bí ẩn của Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng.
Khi nghiên cứu về đa dạng địa chất và địa mạo tác giả đã có các đóng góp mới. Đó là lần đầu tiên làm sáng tỏ cấu trúc địa chất ven biển Đồng Hới là một cặp đôi địa hào Sông Nhật Lệ và địa lũy cồn cát Bảo Ninh. Cặp đôi về cấu trúc địa chất là tiền đề để tạo nên một cặp đôi tiếp theo là đê cát ven bờ do sóng biển tạo ra sau phát triển cát đụn do gió (cồn cát) Bảo Ninh và lagoon cộng sinh nay là hạ lưu Sông Nhật Lệ.
Trên cơ sở đó, lần đầu tiên tác giả thành lập thang địa tầng trầm tích Đệ Tứ đồng bằng ven biển Quảng Bình gồm 5 hệ tầng có mối quan hệ nhân - quả với 5 chu kỳ thay đổi mực nước biển toàn cầu do ảnh hưởng của 5 chu kỳ băng hà/gian băng trong Đệ Tứ: Hệ tầng Pleistocen dưới; Hệ tầng Pleistocen giữa, phần dưới; Hệ tầng Pleistocen trên, phần trên; Hệ tầng Pleistocen trên, phần dưới; Hệ tầng Pleistocen trên, phần trên-Holocen.
Về mặt lý luận, đây là một công trình nổi tiếng thế giới được UNESCO xếp hạng là "Di sản Thiên nhiên Thế giới" và cũng là công trình Di sản Thiên nhiên Thế giới thứ 2 sau Vịnh Hạ Long.
Đặc biệt, công trình đã mang lại hiệu quả về kinh tế - xã hội và các lĩnh vực khác. Ấn tượng nhất về sự bứt phá kinh tế du lịch tỉnh Quảng Bình sau khi UNESCO công nhận Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng (2003) là số lượng du khách và tổng doanh thu tăng.
Tổng số lượng du khách tăng lên gấp 10 lần từ trung bình 50 nghìn người/năm đến trung bình 600 nghìn người/năm; Tổng doanh thu tăng gấp 200 lần từ trung bình 2 tỷ đồng/năm lên trung bình 200 tỷ đồng/năm.
Triển vọng của tiềm năng du lịch Quảng Bình đang tiến triển đáng mừng nhờ Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được UNESCO công nhận là Di sản Thiên nhiên Thế giới. Không chỉ có rừng, biển Quảng Bình cũng đang phát huy giá trị lớn về nhiều mặt, trong đó có du lịch.
Công trình nghiên cứu "Di sản Thiên nhiên Thế giới Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, Quảng Bình, Việt Nam" là kết tinh trí tuệ của một tập thể xuất sắc, nhưng dấu ấn của GS.TS.NGND. Trần Nghi là không thể phai mờ.